A la fin du pré-noviciat, la jeune peut alors commencer une formation plus intense qui dure au moins 2 ans. C'est un temps où elle approfondit sa relation personnelle avec Dieu, où elle apprend à donner une réponse concrète à l'appel du Seigneur, où elle découvre la spiritualité de l'Institut et où elle se prépare à la consécration religieuse par les voeux. Cette période de formation s'appelle le noviciat. A la fin du noviciat, elle prononce les trois voeux de pauvreté, de chasteté et d'obéissance, pour une période de trois ans.

Puis la préparation s'approfondit encore par un engagement plus concret dans la vie de prière et la mission de la communauté, jusqu'à ce qu'elle s'engage définitivement comme FMM. A ce moment, elle reçoit de la Supérieure Générale son premier envoi en mission, qui peut être n'importe quel pays du monde où les FMM sont présentes.

Chaque Franciscaine Missionnaire de Marie ne cesse d'approfondir sa vocation spécifique, dans la vie et par la vie: prière régulière, études, partages avec les soeurs de la communauté. Cet approfondissement de la vocation se fait aussi par des temps de ressourcement spirituel à certains moments de la vie.